Das Helm-Knabenkraut bevorzugt sonnige bis leicht beschattete Standorte auf Halbtrocken- und Trockenrasen, Magerwiesen und lichte Kiefernwälder auf trockenen bis mäßig frischen Böden. Es blüht im Mai und Juni.

Das Helmknabenkraut ist überwiegend in der Süfhälfte Deustchlands zu finden. Trotz des relativ großen Verbreitungsgebiets ist das Helm-Knabenkraut in vielen Gebieten gefährdet. Verbuschung und Nutzungsänderung der Biotope führt seit geraumer Zeit zur Vernichtung vieler Lebensräume. Durch die Fähigkeit Sekundärstandorte zu besiedeln, ist diese Art noch nicht so stark gefährdet wie es bei verschiedenen anderen Orchideen (z.B. Brandknabenkraut) der Fall ist.